Existe alguma exceção que permita considerar tais parcelas no cálculo dos benefícios?

Não se incluem na vedação, as parcelas que tiverem integrado a remuneração de contribuição do servidor que se aposentar com proventos calculados pela média aritmética, conforme questão 37 do Tópico XXII, respeitando-se, em qualquer hipótese, como limite máximo para valor inicial do benefício, a remuneração do servidor no respectivo cargo efetivo em que se der a aposentadoria, ainda que a contribuição seja feita mediante a opção prevista, conforme questão 07 do Tópico XXII.
Fundamentação Legal: §§ 4° e 5°, do artigo 23, da Portaria MPS nº 402/2008.